ฟังไจมีการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศและไม่อาศัยเพศ โดยการสร้างสปอร์ ลักษณะการสร้างสปอร์ในการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศจะ ใช้เป็นเกณฑ์ในการจำแนกฟังไจออกเป็นดิวิชั่นต่างๆ แต่มี ฟังไจอีกหลายชนิดที่พบเฉพาะการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศเท่านั้น

การจัดจำพวกฟังไจ โดยทั่วไปใช้การสร้างสปอร์ที่เกิดจากการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศเป็นเกณฑ์ แบ่งออกเป็น 4 ดิวิชัน ได้แก่
1. ดิวิชันไซโกไมโคตา (Zygomycota) สร้างไซโกสปอร์ (zygospores)
2. ดิวิชันแอสโคไมโคตา (Ascomycota) สร้างแอสโคสปอร์ (ascospores)
3. ดิวิชันเบสิดิโอไมโคตา (Basidiomycota) สร้างเบสิดิโอสปอร์ (basidiospores)
4. ดิวิชันดิวเทอโรไมโคตา (Deuteromycota) หรือเรียกอีกอย่างว่า Fungi imperfecti สร้างสปอร์ไม่ทราบว่าชนิดใดเนื่องจากนิวเคลียสของสปอร์หลอมรวมกัน (พบว่าส่วนใหญ่ดูเหมือนเป็นพวกแอสโคสปอร์)

 

---