ที่มาของภาพ: http://i115.photobucket.com/albums/n306/webmaster95/1164717808.jpg

ยุคกลาง (ศตวรรษที่ 12 – 16)

              เป็นยุคที่ชนชั้นปกครอง ราชวงศ์และเชื้อพระวงศ์หมดอำนาจลง การปกครองตกไปอยู่กับชนชั้นนักรบซึ่งเป็นผู้สร้างระบบศักดินาต่อไป

สมัยคะมะคุระ
              เมื่อ มินะโมโตะ โนะ โยะริโตะโมะ ตั้งบะคุฟุ (Bakufu : ที่ว่าราชการรัฐบาลโชกุน) ขึ้นที่คะมะคุระในปลายศตวรรษที่ 12 การปกครองประเทศโดยชนชั้นทหารได้เริ่มมาแต่นั้นเรื่อยมาจนถึงประมาณ 150 ปี โดยช่วงเวลานี้รัฐบาลทหารซึ่งมีศูนย์กลางอำนาจอยู่ทางฝั่งตะวันออกของ ญี่ปุ่น ได้ทำการต่อสู้กับฝ่ายอำนาจเก่า คือ ราชวงศ์จักรพรรดิและเชื้อพระวงศ์ อันกุมอำนาจอยู่บริเวณภาคตะวันตกอยู่เนือง ๆ และได้เริ่มวางรากฐานของระบบศักดินาในญี่ปุ่นขึ้นทีละเล็กทีละน้อย จนกะทั่งในครึ่งหลังของศตวรรษที่ 13 กองทัพมองโกลได้รุกรานสู่ญี่ปุ่นโดยเข้าโจมตีภาคเหนือของเกาะคิวชู กองทัพทหารได้ทำการต่อสู้ป้องกันอย่างเข้มแข็ง ประกอบกับภัยธรรมชาติเป็นส่วนช่วยเหลือ ญี่ปุ่นจึงรอดพ้นจากอันตรายมาได้ แต่นั่นก็เป็นจุดเริ่มต้นของการเสื่อมอำนาจในการควบคุมชนชั้นนักรบของรัฐบาล ทหาร
สมัยราชวงศ์เหนือใต้
             แม้ว่าจักรพรรดิ โกะไดโกะ (Godaigo) จะเป็นผู้โค่นล้มรัฐบาลโชกุนคะมะคุระได้ก็ตามที แต่ก็ได้แตกหักกับแม่ทัพของตน คือ อะชิคะงะทะคะอุจิ (Ashikaga Takauji) ซึ่งเป็นต้นเหตุของการแยกราชบัลลังก์ออกเป็นราชวงศ์เหนือที่เกียวโต และราชวงศ์ใต้ ที่โยะชิโนะ (Yoshino) (ปัจจุบันอยู่ในจังหวัดนะระ) ซึ่งเป็นสาเหตุให้นักรบเชื้อพระวงศ์ที่ฝักใฝ่อยู่กับแต่ละฝ่ายรบพุ่งกันมา ตลอด ก่อให้เกิดการอพยพย้ายถิ่นฐานของประชาชนเพื่อหนีภัยสงคราม จึงเป็นจุดเริ่มต้นที่ทำให้วัฒนธรรมท้องถิ่นอันแตกต่างกันระหว่างญี่ปุ่น ตะวันออกและญี่ปุ่นตะวันตกหลอมรวมเข้ากันเป็นหนึ่งเดียว

สมัยมุโระมะฉิ
            ครึ่งหลังของศตวรรษที่ 14 อะชิคะงะ โยะชิมิทสึ ได้ปราบปรามชนชั้นปกครองลงอย่างราบคาบ และตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นอีกครั้งที่เกียวโต ซึ่งรัฐบาลโชกุนนี้ได้ปกครองญี่ปุ่นต่อมาเป็นเวลานานถึงสองศตวรรษเศษอันเป็น ช่วงเวลาที่วัฒนธรรมของชนชั้นนักรบก็ได้กลืนวัฒนธรรมของชนชั้นปกครองลงอย่าง ราบคาบเช่นเดียวกัน อย่างไรก็ตามรัฐบาลโชกุนของตระกูลอะชิคะงะ เกิดจากการรวมตัวของขุนศึกสำคัญ ๆ ตามหัวเมืองต่าง ๆ เข้าด้วยกัน จึงเป็นธรรมดาที่การรวบอำนาจให้รัฐบาลมีเสถียรภาพนั้นเป็นไปได้อย่างลำบาก ดังนั้นในครึ่งหลังศตวรรษที่ 15 เป็นต้นมา ขุนศึกตามหัวเมืองต่าง ๆ จึงเริ่มทำสงครามแย่งชิงอำนาจกัน จนทั้งประเทศญี่ปุ่นตกเข้าสู่ยุคสงคราม ภายในยุคนี้เป็นยุคที่ชนชั้นนักรบมีอำนาจเหนือเกษตรกรและมีกรรมสิทธิเหนือ ที่ดินจึงเป็นการปกครองระบบศักดินาโดยสมบูรณ์ ด้านเศรษฐกิจก็เจริญรุ่งเรืองมาก เนื่องจากทำการค้ากับจีนสมัยหมิง