ด้านการศาสนา   

            โปรด ให้ปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่าง ๆ ที่รกร้างปรักหักพังตั้งแต่ครั้งพม่าเข้าเผาผลาญทำลายและกวาดต้อนทรัพย์สิน ไปพม่า แล้วโปรดให้อาราธนาพระภิกษุสงฆ์เข้าจำวัดต่าง ๆ ส่วนพระไตรปิฎกยังเหลือตกค้างอยู่ที่ใด ก็โปรดให้คัดลอกสร้างเป็นฉบับหลวง แล้วส่งคืนกลับไปที่เดิม เรื่องสังฆมณฑล โปรดให้ดำเนินตามธรรมเนียมการปกครองคณะสงฆ์ที่มีมาแต่ก่อน โดยแยกเป็นฝ่ายคันถธุระและฝ่ายวิปัสสนาธุระ ฝ่ายคันถธุระดำเนินการศึกษาพระปริยัติธรรมให้เจริญ ส่งเสริมการสอนภาษาบาลี เพื่อช่วยการอ่านพระไตรปิฎกฝ่ายวิปัสนาธุระ โปรดให้กวดขันการปฏิบัติพระธรรมวินัยเป็นขั้น ๆ ไปตามภูมิปฏิบัติ ส่วน ลัทธิอื่น ๆ ในชั้นต้นสมเด็จพระเจ้าตากสินกรุงธนบุรี พระราชทานเสรีภาพในการนับถือศาสนา แต่ต่อมาข้าหลวงที่เข้ารีต ได้พยายามห้ามปรามชาวไทยปฏิบัติพิธีการทางศาสนา เช่น พิธีถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา ความขัดแย้งมีมากขึ้นเรื่อย ถึงกับจับพวกบาทหลวงกุมขังก็มี ในที่สุดพระองค์จำต้องขอให้บาทหลวงไปจากพระราชอาณาเขต แล้วห้ามชาวไทยนับถือศาสนาคริสต์ ตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ.2322