การปกครอง ร.5
ในระยะแรก พระองค์ยังไม่บรรลุนิติภาวะ มีสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยงวศ์ เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน และได้สถาปนาโอรสองค์ใหญ่ ของพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้า เจ้าอยู่หัว ขึ้นเป็นกรมพระราชวังบวรสถานมงคล นามว่า กรมพระราชวังบวรวิชัยชาญ เมื่อพระองค์บรรลุนิติภาวะแล้ว ได้ผนวชอยู่ในสมณเพศ 15 วัน จึงลาสิกขาบทออกมาประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเป็นครั้งที่ 2 เมื่อ 16 พฤศจิกายน 2416 จากนั้นทรงรับผิดชอบบริหารประเทศ โดยสิทธิ์ขาด มีการปรับปรุงระเบียบบริหารราชการแผ่นดินดังนี้ ตั้งสภาแผ่นดิน 2 สภาได้แก่
1. รัฐมนตรีสภา Council of State ประกอบด้วยขุนนางที่มีบรรดาศักดิ์ ชั้นเจ้าพระยาทั้งหมด 12 คน มีพระองค์ท่านเป็นประธาน รัฐมนตรีสภามีหน้าที่ถวายคำปรึกษาราชการแผ่นดิน รวมทั้งพิจารณาพระราชบัญญัติ พระราชกำหนดกฎหมายต่าง ๆ ด้วย เหมือนสภานิติบัญญัติในปัจจุบัน 2. องคมนตรีสภา Privy Council ประกอบด้วยสมาชิก 49 คน มีเชื้อพระวงศ 13 พระองค์ ทำหน้าที่เป็นสภา ที่ปรึกษา ราชการในพระองค์และมีหน้าที่ปฏิบัติราชการแผ่นดินตามแต่จะมีพระราชดำรัส
ปฏิรูปองค์การบริหารในส่วนกลางใหม่ดังนี้ 1. กระทรวงมหาดไทย
2. กระทรวงกลาโหม
3. กระทรวงนครบาล
4. กระทรวงการต่างประเทศ
5. กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ
6. กระทรวงวัง
7. กระทรวงเกษตราธิการ
8. กระทรวงยุติธรรม
9. กระทรวงโยธาธิการ
10. กระทรวงธรรมการ
กระทรวงต่าง ๆ มีอำนาจหน้าที่ดังนี้ 1. กระทรวงมหาดไทย มีอำนาจหน้าที่บังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายเหนือรวมทั้งหัวเมืองประเทศราศทางเหนือ
2. กระทรวงกลาโหม มีอำนาจหน้าที่บังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายใต้ กรมทหารเรือ กรมช้าง กรมแสง
3. กระทรวงการต่างประเทศ มีอำนาจหน้าที่จัดการเรื่องเกี่ยวกับการต่างประเทศ
4. กระทรวงนครบาล มีอำนาจหน้าที่จัดการในเรื่องความปลอดภัยในพระนคร ดูแลรักษาบัญชีพลดูแลเกี่ยวกับคุก
5.กระทรวงวัง มีอำนาจหน้าที่จัดการเกี่ยวกับเรื่องในราชสำนักและพระราาชพิธีต่าง ๆ
6. กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ มีอำนาจหน้าที่บังคับบัญชาการเก็บภาษีอากรและการเงิน ที่เป็นรายรับรายจ่ายของแผ่นดิน
7. กระทรวงเกษตรและพาณิชยการ มีอำนาจหน้าที่จัดการเรื่องเพาะปลูก การป่าไม้ การค้า รวมทั้ง
เรื่องโฉนดที่ดินซึ่งเริ่มมีในสมัยรัชกาลที่ 5
8. กระทรวงยุติธรรม มีอำนาจหน้าที่จัดการเรื่องศาลทั้งปวง
9. กระทรวงยุทธนาธิการ มีอำนาจหน้าที่จัดการเกี่ยวกับทหารบกและทหารเรือแบบยุโรป
10. กระทรวงธรรมการ มีอำนาจหน้าที่จัดการเกี่ยวกับเรื่องศาสนา การศึกษา การพยาบาล และพิพิธภัญฑ์
11. กระทรวงโยธาธิการ มีอำนาจหน้าที่จัดการเกี่ยวกับเรื่องการก่อสร้างต่าง ๆ ตลอดจนการไปรษณีย์
โทรเลขและรถไฟซึ่งเริ่มมีในสมัยรัชกาลที่ 5
12. กระทรวงมุรธาธร มีอำนาจหน้าที่ดูแลรักษาพระราชลัญจกรและหนังสือราชการทั้งปวงที่เกี่ยวข้องกับพระมหากษัตริย์