การปกครองสมัยอยุธยาตอนกลาง 1991 - 2231 การปกครองเริ่มตั้งแต่รัชกาลสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เป็นต้นมา  หลังจากที่ได้ผนวกเอาอาณาจักรสุโขทัยมาเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอยุธยา     โดยมีลักษณะสำคัญ 2 ประการคือ

1. จัดการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง

2. แยกกิจการฝ่ายพลเรือนกับฝ่ายทหารออกจากกัน การปกครองส่วนกลาง สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ โปรดฯให้มีตำแหน่งสมุหกลาโหมรับผิดชอบด้านการทหาร นอกจากนี้ยังได้ทรงตั้งหน่วยงานเพิ่มขึ้นมา อีก 2 กรม คือ

กรมมหาดไทย มีพระยาจักรีศรีองครักษ์เป็นสมุหนายก มีฐานะเป็นอัครมหาเสนาบดี มีหน้าที่ควบคุมกิจการพลเรือนทั่วประเทศ

กรมกลาโหม มีพระยามหาเสนาเป็นสมุหพระกลาโหม มีฐานะเป็นอัครมหาเสนาบดี มีหน้าที่ควบคุมกิจการทหารทั่วประเทศ           

นอกจากนี้ใน 4 กรมจตุสดมภ์ที่มีอยู่แล้ว ทรงให้มีการปรับปรุงเสียใหม่ โดยตั้งเสนาบดีขึ้นมาควบคุมและรับผิดชอบในแต่ละกรมคือ  

กรมเมือง (เวียง)     มีพระนครบาลเป็นเสนาบดี    

กรมวัง                   มีพระธรรมาธิกรณ์เป็นเสนาบดี  

กรมคลัง                 มีพระโกษาธิบดีเป็นเสนาบดี     กรมนา                   มีพระเกษตราธิการเป็นเสนาบดี   การปกครองส่วนภูมิภาค            สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงยกเลิกการปกครองแบบเดิมทั้งหมด แล้วจัดระบบใหม่ดังนี้  

1 .) หัวเมืองชั้นใน ยกเลิกเมืองหน้าด่านแล้วเปลี่ยนเป็นเมืองชั้นใน มีฐานะเป็นเมืองจัตวา ผู้ปกครองเมืองเหล่านี้เรียกว่า ผู้รั้ง พระมหากษัตริย์จะเป็นผู้แต่งตั้งขุนนางในกรุงศรีอยุธยา ทำหน้าที่ผู้รั้งเมือง ต้องรับคำสั่งจากในราชธานีไปปฏิบัติเท่านั้นไม่มีอำนาจในการปกครองโดยตรง  

2) หัวเมืองชั้นนอก (เมืองพระยามหานคร) เป็นหัวเมืองที่อยู่ภายนอกราชธานีออกไป จัดเป็นหัวเมืองชั้นตรี โท เอก ตามขนาดและความสำคัญของหัวเมืองนั้น เมืองเหล่านี้มีฐานะเดียวกันกับหัวเมืองชั้นใน คือขึ้นอยู่ในการปกครองจากราชธานีเท่านั้น    

3) หัวเมืองประเทศราช ยังให้มีการปกครองเหมือนเดิม มีแบบแผนขนบธรรมเนียมเป็นของตนเอง มีเจ้าเมืองเป็นคนในท้องถิ่นนั้น ส่วนกลางจะไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยวในด้านการปกครอง แต่ต้องส่งเครื่องราชบรรณาการมาถวาย
   การปกครองส่วนท้องถิ่น แบ่งการปกครองเป็นหน่วยย่อย โดยแบ่งเป็น  

1) บ้าน หรือหมู่บ้าน มีผู้ใหญ่บ้าน มีผู้ว่าราชการเมืองเป็นหัวหน้า         จากการเลือกตั้งจากหลายบ้าน  

2) ตำบล เกิดจากหลายๆ หมู่บ้านรวมกันมีกำนันเป็นหัวหน้ามีบรรดาศักดิ์เป็น พัน  
 

3) แขวง เกิดจากหลายๆ ตำบลรวมกัน มีหมื่นแขวงเป็นผู้ปกครอง  

4) เมือง เกิดจากหลายๆ แขวงรวมกัน มีผู้รั้งหรือพระยามหานครเป็นผู้ปกครอง   ต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 ได้มีการปรับปรุงระเบียบการปกครองทางด้านการทหาร ได้แก่  

1. การจัดทำสารบัญชี (หรือสารบาญชี) เพื่อให้ทราบว่ามีกำลังไพร่พลมากน้อยเพียงใด  

2. สร้างตำราพิชัยสงคราม ซึ่งเป็นตำราที่ว่าด้วยการจัดทัพ      การเดินทัพ การตั้งค่าย การจู่โจมและการตั้งรับ ส่วนหนึ่งของตำราได้มาจากทหารอาสาชาวโปรตุเกส  

3. การทำพิธีทุกหัวเมือง ซักซ้อมความพร้อมเพรียงเพื่อสำรวจจำนวนไพร่พล (คล้ายกับพิธีถวายสัตย์ปฏิญาณต่อธงชัยเฉลิมพลในปัจจุบัน)