กล่าวฝ่ายเมืองผลึก 'ท้าวสิลราช' กับ 'พระนางมณฑา' ผู้ครองเมือง มีพระธิดาองค์เดียวคือ นางสุวรรณมาลี ได้เป็นคู่หมั้นอยู่กับอุศเรน เจ้าชายเมืองลังกา วันหนึ่งนางสุวรรณมาลีเกิดนิมิตฝัน โหรทำนายว่าต้องออกเที่ยวทะเลจะได้พบลาภ ทั้งหมดจึงเดินเรือเที่ยวท่องไป แต่เกิดพายุใหญ่พัดเรือไปถึงเกาะนาควาริน คำทำนายของปู่เจ้าทำให้ท้าวสิลราชพากองเรือมุ่งหน้าไปยังเกาะแก้วพิสดาร ได้พบพระอภัยมณีและรับพระอภัยมณีกับสินสมุทรขึ้นเรือไปด้วยเพื่ออาศัยกลับบ้านเมือง แต่เมื่อเรือออกจากเกาะ นางผีเสื้อสมุทรก็มาอาละวาดอีกจนเรือแตก ท้าวสิลราชกับบริวารส่วนใหญ่สิ้นชีพ สินสมุทรพานางสุวรรณมาลีหนีไปได้ พระอภัยมณีเป่าปี่สังหารนางยักษ์
     ทั้งหมดแตกกระจายพลัดพรายจากกัน พระอภัยมณีได้รับความช่วยเหลือจากอุศเรน คู่หมั้นของนางสุวรรณมาลี ที่ออกเรือมาตามหาเพราะหายไปนาน ส่วนสินสมุทรกับนางสุวรรณมาลีได้โจรสุหรั่ง โจรสลัดในน่านน้ำนั้นช่วยไว้ได้ แต่โจรคิดทำร้าย สินสมุทรจึงสังหารโจรแล้วครองเรือมาเอง แล้วได้พบศรีสุวรรณที่ออกล่องเรือเที่ยวตามหาพี่ชาย ทั้งหมดเดินทางไปด้วยกันจนมาพบพระอภัยมณีกับอุศเรน สินสมุทรรักนางสุวรรณมาลีอยากได้เป็นแม่ จึงเกิดวิวาทกับอุศเรน พระอภัยมณีไปเมืองผลึกกับนางสุวรรณมาลีและได้ขึ้นครองเมืองแทนท้าวสิลราช อุศเรนแค้นและกลับเมืองลังกายกทัพมาตีเมืองผลึก แต่แพ้อุบายนางวาลีจนสิ้นชีวิต นางละเวงวัณฬาผู้น้องสาวคิดแก้แค้น จึงใช้รูปของตนทำเสน่ห์ส่งไปหัวเมืองต่างๆ ให้ยกทัพมาตีเมืองผลึก
      ด้านเกาะแก้วพิสดาร นางเงือกให้กำเนิดบุตรชื่อ สุดสาคร เป็นเด็กฉลาดแข็งแรง วันหนึ่งสุดสาครจับม้านิลมังกรได้ พระฤๅษีสอนวิชาให้แล้วเล่าเรื่องพระอภัยมณีให้ฟัง สุดสาครออกเดินทางตามหาพระอภัยมณีจนไปถึงเมืองการเวก ระหว่างทางถูกชีเปลือยหลอกขโมยไม้เท้าและม้านิลมังกรไป แต่พระฤๅษีมาช่วยไว้ เมื่อชิงไม้เท้าและม้านิลมังกรคืนมาได้ ก็เข้าเมืองการเวก กษัตริย์เจ้าเมืองรักใคร่เอ็นดูสุดสาคร จึงเลี้ยงดูเป็นโอรสบุญธรรมอยู่ด้วยกันกับนางเสาวคนธ์และหัสไชยพระธิดาและพระโอรส จนเติบใหญ่ สุดสาครคิดออกตามหาพ่อ เจ้าเมืองการเวกจึงจัดกองเรือให้ โดยมีนางเสาวคนธ์และหัสไชยติดตามไปด้วย ทั้งหมดล่องเรือไปถึงเมืองผลึกขณะถูกทัพลังกาและทัพพันธมิตรล้อมเมือง
      พระอภัยมณี ศรีสุวรรณ สินสมุทร และสุดสาคร ช่วยเมืองผลึกรบจนสามารถเอาชนะทัพอื่นๆ ได้ พระอภัยมณีได้รูปวาดนางละเวงที่ลงเสน่ห์ (ทำให้เมืองต่างๆ พากันยกมารบเมืองผลึกตามคำขอนางนาง) แล้วเกิดต้องมนต์ของนางละเวงเสียเอง พระอภัยยกทัพตามไปตีเมืองลังกา แต่รบกันเท่าใดก็ไม่แพ้ชนะเสียที ต่อมาพระอภัยมณีลอบติดรถนางละเวงเข้าไปในวัง เมื่อนางละเวงได้พบพระอภัยก็ฆ่าไม่ลง กลับหลงรักจนได้เป็นสามีภรรยากัน ส่วนบริวารอื่นของนางละเวงคือนางยุพาผกา รำภาสะหรี และสุลาลีวัน ใช้เสน่ห์กับฝ่ายพระอภัยมณี ได้แก่ ศรีสุวรรณ สินสมุทร และแม้แต่สุดสาครที่ครองตนเป็นฤๅษีก็ต้องมนต์ไปด้วย จนทั้งหมดหลงมัวเมาติดพันอยู่ในลังกาไม่ยอมกลับเมืองผลึก นางสุวรรณมาลีกับอรุณรัศมีและเสาวคนธ์จึงมาตาม แต่ไม่เป็นผล จนต้องให้หัสไชยช่วยแก้เสน่ห์ให้ลุงและพี่ๆ กษัตริย์ทั้งหมดยอมสงบศึกต่อกัน แต่นางเสาวคนธ์แค้นสุดสาครจึงหนีไปเมืองวาหุโลม สุดสาครต้องติดตามไปจนภายหลังจึงได้อภิเษกกัน
      ด้านกรุงรัตนา ท้าวสุทัศน์สิ้นพระชนม์ พระอภัยมณีกับเหล่ากษัตริย์จึงเดินทางไปทำศพ มังคลาบุตรของพระอภัยมณีกับนางละเวงได้ครองเมืองลังกา แต่ถูกบาทหลวงยุแหย่จึงแค้นเคืองเหล่ากษัตริย์ จับตัวนางสุวรรณมาลีและพระญาติมาขังไว้ หัสไชยกับสุดสาครยกทัพมาช่วยแต่ไม่สำเร็จ แม้แต่นางละเวงผู้เป็นมารดาเองก็ห้ามปรามไม่ได้ พระอภัยมณีกับศรีสุวรรณยกทัพตามมาจึงเอาชนะศึกได้ จบศึกแล้วพระอภัยมณีอภิเษกโอรสทั้งหลายให้ครองเมืองต่างๆ แล้วออกบวชพร้อมกับนางละเวงและนางสุวรรณมาลี